Фамилия Клубукова — женская форма, а мужская — Клубуков. В основе лежит прозвище или мирское имя Клубок. Слово «клубок» в старых говорах имело не только прямое значение (смотанные нитки), но и переносное: так могли назвать человека круглого, плотного, невысокого, либо того, кто постоянно «сматывается», то есть суетливого и непоседливого. В некоторых диалектах «клубок» означал также комок, сгусток, что усиливало прозвищную характеристику по внешности.

Модель образования простая и архаичная: основа Клубук- плюс притяжательный суффикс -ов. Первоначально Клубуков — «сын Клубука» или «человек из семьи Клубука». Суффикс -ов типичен для русских фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей в XV–XVII веках. Интересно, что в основе стоит не «клубок», а форма «клубук» — с ударением на втором слоге, что закрепилось в некоторых северных и сибирских говорах. Это делает фамилию диалектно окрашенной: её носители, скорее всего, происходят из регионов, где слово «клубук» (или «клубок») произносили с таким ударением.

Фамилия редкая. В документах XIX века встречается в Вологодской и Архангельской губерниях — на Русском Севере, где сохранялись старые прозвищные имена. Встречается также вариант Клубков — он более частый, но Клубуков отличается именно огласовкой «у» в корне, что указывает на локальную фонетическую особенность. Сословно фамилия почти наверняка крестьянская: в дворянских родословных книгах она не фиксируется.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Клубов, Клубков, Клубочкин) показывает, что Клубуков стоит особняком: суффикс -ук- в основе встречается реже, чем -ок- или -ов-, и может быть остатком древнего уменьшительного имени Клубук, которое со временем застыло в фамилии. Ономасиологи (например, Б. Унбегаун) относят такие формы к «полуотчествам», где полное имя предка уже забыто, а прозвище стало родовым знаком.