Фамилия Клубко образована по довольно редкой для русских фамилий модели — с суффиксом -к- и окончанием -о. Чаще всего такой способ словообразования (Клуб + к + о) указывает на украинское или белорусское происхождение, где уменьшительные формы с окончанием -о более естественны, чем в великорусских говорах. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Клуб.

Что означало это слово в старину? Клубом называли верхнюю часть ноги, бедро. Если исходить из этого значения, прозвище Клуб могли дать человеку с массивными, крупными бёдрами — по характерной внешней примете. Однако на Руси были широко распространены мирские имена, образованные от названий частей тела: Ручка, Нос, Глаз, Палец. Такие имена не обязательно описывали внешность — они могли даваться просто по традиции, как личное имя, никак не связанное с физическими особенностями носителя. Поэтому не исключено, что Клуб было именно таким именем, а не прозвищем.

Есть и другая версия: фамилия могла произойти от прозвища Клубок. В этом случае её носителем мог стать невысокий, полноватый человек — фигура, напоминающая клубок. Со временем прозвище или имя Клуб закрепилось за человеком как основное бытовое именование, а затем, при передаче по наследству, оформилось в фамилию Клубко. Так потомок человека по прозвищу Клуб стал носить фамилию с уменьшительным оттенком, который в старину часто означал «маленький Клуб» или «сын Клуба».