Вероятно, в ее основе лежит прозвище Клуб, которое восходит к аналогичному нарицательному. Клубом в старину называли верхнюю часть ноги, бедро. Возможно, прозвище Клуб дали человеку с массивными бедрами. Однако не исключено, что Клуб являлось не прозвищем, а мирским именем. Подобные имена, образованные от названий частей тела (Ручка, Нос, Глаз, Палец) были весьма популярны на Руси. В этом случае имя Клуб не было никак связано с особенностями внешности предка. Согласно еще одной гипотезе, в основе фамилии Клубко лежит прозвище Клубок. В этом случае так могли прозвать невысокого полноватого человека. Так и прозвище Клуб закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Клубко. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Клуб, со временем получил фамилию Клубко.