Фамилия Клушин — классический пример «материнской» или «жениной» фамилии, то есть образованной от женского прозвища. В основе лежит слово «клуша». Основное, прямое значение — курица-наседка. В переносном смысле так говорили о неопрятной, небрежно одетой или закутанной женщине. В тверских и псковских говорах у прозвища было другое, неожиданное значение: женщина с серыми, быстрыми, «клушащими» глазами. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Клушин», то есть сын или потомок женщины по прозвищу Клуша. Такая модель образования — от имени или прозвища матери — встречается реже, чем от отцовского имени, и выделяет фамилию среди соседних.

Есть и вторая версия, менее распространённая, но лингвистически возможная. В тех же тверских говорах слово «клуши» означало чёрную масть в картах — пики. Если прозвище пошло от картёжной страсти, то Клушей могли прозвать не женщину, а мужчину, завзятого игрока. Тогда фамилия образована от мужского прозвища, но по той же модели — через суффикс -ин.

Обе версии сходятся в одном: фамилия Клушин — не от календарного имени, а от бытового прозвища, которое закрепилось за родом. Точно установить, какой из вариантов верен для конкретной ветви Клушиных, сейчас невозможно — слишком давно фамилия вошла в обиход. Но обе гипотезы показывают, что предки носителей этой фамилии жили на северо-западе России, в районе Твери и Пскова, где слово «клуша» было в ходу.