Фамилия Клушина — один из тех случаев, когда происхождение напрямую связано с прозвищем, которое когда-то дали женщине. Основа здесь — слово «клуша». В прямом значении так называли курицу-наседку, а в переносном — неопрятную, дурно одетую или закутанную женщину. Однако в тверских и псковских говорах у прозвища был и другой оттенок: Клушей могли назвать женщину с серыми, быстрыми глазами. Эта версия относит фамилию Клушина к группе так называемых «матримониальных» фамилий, то есть образованных от женских прозвищ и имен, что встречается реже, чем патронимы от мужских имен.

Есть и альтернативное объяснение, хотя оно менее распространено. В тверских говорах словом «клуши» обозначали черную карточную масть — пики, трефы (вины). Если прозвище Клуша пошло отсюда, то оно носило ироничный оттенок и указывало на страсть человека к азартным играм. При таком толковании фамилия могла закрепиться за потомками мужчины, а не женщины.

Обратите внимание на суффикс -ин. Он указывает на принадлежность: «чей?» — «клушин», то есть сын или дочь Клуши. Модель образования простая и типичная для северных и центральных регионов России. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, что подтверждается бытовым, даже несколько сниженным характером прозвища. Встречается в основном в Тверской, Псковской и соседних областях, что совпадает с диалектной географией исходного слова.