Фамилия Клушина образована от прозвища Клуша. Обычно так называли курицу-наседку. В переносном смысле прозвище означало «дурно одетая или закутанная женщина». В тверских и псковских говорах прозвище Клуша закреплялось за женщиной с серыми, быстрыми глазами. Согласно этой гипотезе, Клушина относится к группе фамилий, образованных от женских прозвищ. Существует также версия, что прозвище Клуша ведет свое начало от слова «клуши», которое в тверских говорах имело значение «черная карточная масть копьем, вины, пики». В таком случае прозвище носило иронический характер и было призвано отразить нелицеприятные стороны человека, его дурные привычки: страсть к азартным играм. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Клуша, со временем получил фамилию Клушина.