Фамилия Клушкина — яркий пример того, как русская фамилия, на первый взгляд простая, хранит в себе сразу несколько возможных историй, и выбрать из них единственно верную можно только с оглядкой на конкретную семью. По модели образования это типичная «материнская» фамилия на -ин, то есть в основе лежит женское прозвище или имя — Клушка. Мужской вариант — Клушкин.

Самое очевидное и прямое значение корня «клуш-» — это самка птицы, чаще всего наседка. В старых русских говорах «клуша» или «клушка» означала курицу-наседку, а в переносном смысле — женщину, которая всё время сидит дома, возится с детьми, не любит выходить в люди. Прозвище Клуша могли дать домоседке, заботливой матери или, наоборот, медлительной и неповоротливой женщине. Таким образом, Клушкина — это буквально «дочь или жена Клуши».

Однако у слова есть и другая, менее известная ветвь. В новгородских и псковских диалектах «клуша» могло означать не только птицу, но и неопрятного, небрежно одетого человека, неряху. Этот оттенок значения мог возникнуть от образа растрёпанной, взъерошенной наседки. Поэтому не стоит исключать, что прозвище носило не столько «куриный», сколько «бытовой» характер — так могли обозвать женщину, которая ходит в растрёпанном виде.

Интересно, что фамилия Клушкина не слишком частотна и имеет выраженную географическую привязку. Она встречается преимущественно в северо-западных областях России: в Новгородской, Псковской, Ленинградской областях, а также в Вологодчине. Это как раз те регионы, где диалектное слово «клуша» было в ходу. В центральных и южных областях фамилия встречается реже, что подтверждает её диалектное, а не литературное происхождение.

В отличие от многих «птичьих» фамилий (Соколов, Орлов, Курицын), которые нередко давались по названиям птиц в гербах или по церковным именам, Клушкина происходит из народной, бытовой среды. Это не «благородная» птица, а дворовая, хозяйственная. Предки носительницы этой фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, а прозвище досталось им от женщины, которую в деревне знали по её характеру или привычкам — домоседка, хлопотунья или, наоборот, нерадивая хозяйка.