Фамилия Клушин — одна из тех, где за привычным окончанием скрывается неочевидная история. Корень здесь — прозвище Клуша. В прямом смысле так в русских говорах называли курицу-наседку. Но прозвища редко давали просто так, и у этого слова было несколько переносных значений.

В одних областях, особенно тверских и псковских, Клушей называли женщину с серыми, быстрыми глазами — по цвету и подвижности, похожим на куриные. В других — неопрятную, дурно одетую или закутанную женщину. Оба значения указывают на то, что прозвище было женским, а это редкий случай для русских фамилий. Обычно фамилии образовывали от имени или прозвища отца, но здесь основа — женское прозвище, что говорит либо о сильной роли женщины в семье, либо о том, что прозвище закрепилось за ней в окружении.

Есть и другая, менее бытовая версия. В тверских говорах слово «клуши» означало «черная карточная масть» — пики, вины. Если прозвище пошло отсюда, то оно носило ироничный оттенок и могло пристать к человеку с дурной привычкой, страстью к азартным играм. Такое прозвище скорее давали мужчине, и тогда фамилия Клушин образована по обычной модели: от отцовского прозвища.

Какая версия правдоподобнее? Первая — с курицей-наседкой — встречается в ономастических работах чаще. Она объясняет и прямое значение, и переносные, и региональную привязку. Версия с карточной мастью более локальна и менее подтверждена, хотя полностью исключать её нельзя. В любом случае, суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Клушин, то есть сын или потомок Клуши. Фамилия эта недворянская, крестьянская или мещанская, и встречается преимущественно в центральных и северо-западных областях России, где были распространены соответствующие говоры.