Фамилия Клугин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: основа + суффикс -ин. Суффикс -ин, в отличие от -ов, указывает на принадлежность к лицу, чьё имя или прозвище оканчивалось на -а или -я. В данном случае основой послужило прозвище Клуга. Именно такую форму — Клуга — и надо искать в говорах и исторических документах.

Слово «клуга» в русских диалектах имеет несколько значений, и все они ведут к прозвищу, данному по внешности или поведению. В северных и центральных говорах клугой называли неуклюжего, неповоротливого человека, увальня. В некоторых местах так говорили о человеке с грубой, неотёсанной речью или о молчуне, который «мычит» вместо ответа. Есть и более конкретное значение: клуга — это ком снега, грязи или льда, налипший на сапоги; прозвище могли дать неопрятному или же, наоборот, очень выносливому, «тяжёлому» на подъём человеку. Таким образом, первый носитель фамилии Клугин — это, скорее всего, сын или потомок человека по прозвищу Клуга.

Фамилия довольно редкая. Она не относится к числу «географических» — нет ярко выраженного ареала, где Клугины встречаются массово, как, например, Поповы на севере. Можно предположить, что её корни — на Русском Севере или в Поволжье, где диалектное слово «клуга» было в ходу. Встречаются варианты написания через «о» — Клугин, что не меняет этимологии: это фиксация того же акающего произношения.

С точки зрения социальной истории, Клугины могли быть крестьянами или посадскими людьми. Фамилия не указывает на принадлежность к духовенству или дворянству — в тех средах чаще использовались фамилии на -ский или на -ов от крестильных имён. Прозвище Клуга — из народной, бытовой лексики, и это говорит о том, что предок был простым человеком, которого окружающие запомнили по какой-то яркой черте.

Интересно, что однокоренные фамилии — Клугов, Клугинский — практически не встречаются. Это делает Клугина «одинокой» в своём гнезде, что подтверждает её локальное, возможно, даже семейное происхождение: прозвище дали одному человеку, и оно закрепилось только за его потомками.