Фамилия Клугина — женская форма фамилии Клугин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: Клугин буквально значит «сын Клуги» или «человек из семьи Клуги». Такая модель образования типична для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге, где преобладает -ов/-ев. Поэтому предки Клугиных, скорее всего, жили где-то в полосе от Новгорода до Вологды или в Поволжье.

Основа фамилии — прозвище Клуга. В русских говорах слово «клуга» имеет несколько значений, и все они ведут к одному образу: нечто округлое, сбитое в ком. В диалектах клугой называли ком снега, льда, грязи, а также круглый хлебец или колобок. В переносном смысле так могли прозвать человека плотного, коренастого, «круглого» телосложения. Есть и более редкая версия: в некоторых областях «клугой» именовали нерасторопного, медлительного человека — от глагола «клужить» (медлить, мешкать). Какая из них верна для конкретной семьи, сейчас не установить, но первая, «внешняя», выглядит правдоподобнее: прозвища по внешности давали чаще, чем по характеру.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Клугов, Клуг — показывает, что Клугин не уникален, но встречается реже. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) примеров с корнем «клуг-» немного, что говорит о локальном бытовании. В XIX веке Клугины фиксировались в основном в Тверской, Ярославской и Костромской губерниях — это совпадает с ареалом диалектного слова «клуга».

В итоге: фамилия Клугина — не аристократическая и не крестьянская в строгом смысле (суффикс -ин не даёт сословной привязки), а скорее «земская», бытовая. Предок-носитель прозвища Клуга мог быть и крестьянином, и мещанином, и ремесленником — важно лишь, что окружающие запомнили его по какой-то круглой черте, будь то фигура или выпечка.