Фамилия Клукин — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, дали не за внешность или характер, а за манеру поведения, причём с оттенком насмешки. В основе лежит глагол «клукать» или «клучить» — в северных и сибирских говорах это означало «клянчить, выпрашивать, канючить». Человека, который постоянно просил, надоедал просьбами, в народе и прозвали Клукой. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «Клукин» буквально значит «сын Клуки» или «из семьи Клуки».

Версия с «клукать» — основная и самая убедительная. Альтернатива, которую иногда приводят, — связь со словом «клуша» (наседка или неопрятная женщина), но для мужской фамилии это маловероятно. Другой вариант — от диалектного «клука» в значении «клюка, палка», но и здесь прозвище было бы Клюкин или Клюка, а не Клука. Фонетически «Клукин» могло возникнуть и как вариант фамилии Клюкин (через «аканье» или замену «ю» на «у»), но такое смешение характерно скорее для южных областей, а основной ареал фамилии — север и северо-восток Европейской России.

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: прозвище на -а (Клука) плюс притяжательный суффикс -ин. В документах эта фамилия встречается с XVII века, в основном среди крестьян и посадских людей Архангельской, Вологодской и Вятской губерний. Дворянских родов Клукиных не зафиксировано — фамилия оставалась простонародной, что подтверждает её прозвищное происхождение от бытового, нелестного, но точного слова.

Ударение в фамилии — на первый слог: КлУкин. Это устойчиво, и перенос ударения на второй слог (КлукИн) ошибочен, хотя иногда встречается в устной речи. Сегодня фамилия редкая, её носители живут в основном в центральной России и на Урале, но географическая привязка к северным говорам остаётся главной подсказкой для тех, кто ищет корни рода.