Фамилия Клуга — редкий пример, где географический акцент важнее морфологического. В русском языке она почти не встречается, зато хорошо известна в Польше, Чехии и Словакии. На это указывает и окончание -а, характерное для западнославянских фамилий в именительном падеже (сравните: польские фамилии Ковальчик, Новак — без окончания, но Клуга — как раз с ним). В восточнославянской традиции такая фамилия могла бы звучать как Клугин или Клугов, но форма Клуга сохранилась без изменений, что выдает её польское или чешское происхождение.

Основа фамилии — слово «klęga» или «klągwa». В польском языке «klęga» — это проклятие, заклятие, нечто вроде «порчи» или «наговора». В старопольском так называли человека, который якобы наводил порчу, или того, кто постоянно роптал, жаловался, «проклинал» свою судьбу. В Чехии есть похожее «klít» — проклинать, и «kletba» — проклятие. Таким образом, первый носитель фамилии мог получить прозвище Клуга за мрачный нрав, склонность к ворчанию, а возможно — за ремесло знахаря или колдуна, который заговаривал болезни.

Встречается и более прозаичная версия: в некоторых польских диалектах «klęga» означало «комель» или «чурбан» — толстый обрубок дерева. Тогда прозвище могли дать крепкому, коренастому человеку или плотнику, работавшему с грубыми бревнами. Это объяснение проще, но менее распространено в ономастике.

На территории бывшей Российской империи фамилия Клуга фиксируется в документах конца XIX века среди мещан и крестьян западных губерний — Гродненской, Виленской, Волынской. Это совпадает с зоной расселения поляков и белорусов-католиков. В советское время фамилия могла быть русифицирована, но её изначальная форма сохранилась у потомков переселенцев из Польши.

С точки зрения словообразования, фамилия не имеет суффикса — это чистая основа, что типично для прозвищ, перешедших в фамилии без изменений. Родственных русских фамилий с таким корнем практически нет, зато в польском есть однокоренные Кленга, Кленгович, Кленговский. Все они восходят к той же диалектной лексике.