Фамилия Клунин — одна из тех, что на первый взгляд кажутся простыми, но при ближайшем рассмотрении ставят перед выбором между несколькими версиями. В её основе лежит прозвище или некалендарное имя Клуня, а суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Клунин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Клуня.

Самое прямое объяснение ведёт к слову «клуня» — так в южных и западных губерниях России, а также на Украине и в Белоруссии называли помещение для молотьбы, сарай для снопов и соломы. В этом случае прозвище Клуня мог получить либо крестьянин, работавший на гумне, либо хозяин, владевший такой постройкой. Версия логичная и бытовая: фамилия образована по той же модели, что и Гуменников, Ригин или Овинников, только от местного диалектного названия.

Однако есть и другая возможность. В старых русских говорах «клуня» или «клун» могло означать нечто вроде «неуклюжий, неповоротливый человек» — от глагола «клунить» (медлить, мешкать). Прозвища по характеру или внешности давали не реже, чем по профессии. Сравните с фамилиями Мешков, Копылов или Неустроев — все они из той же прозвищной среды. Какую версию предпочесть — вопрос контекста: если предки жили в земледельческой местности, где слово «клуня» было в ходу, первая версия весомее; если фамилия встречается в регионах, где этот термин не употребляли, скорее имеем дело с личной характеристикой.

В пользу прозвищного происхождения говорит и то, что имя Клуня могло быть уменьшительным от редкого крестильного имени Клуний — так звали одного из раннехристианских мучеников. Но это уже экзотика: в святцах имя встречается, но в крестьянской среде почти не прижилось, так что основная масса Клуниных получила фамилию от мирского прозвища.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном в центральных и южных областях России, а также в Белоруссии, что хорошо ложится на ареал слова «клуня». Носители фамилии не образовывали крупных дворянских родов — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не раньше XVII–XVIII веков, когда прозвища начали закрепляться за потомками.