Фамилия Клундук — редкий пример фамилии, которая не вписывается в стандартные русские модели на -ов, -ин или -ский. Её основа и суффикс -ук указывают на западнославянское, скорее всего белорусское или украинское, происхождение. Такие фамилии обычно застывали в виде прозвища без дополнительного патронимического суффикса.

Самая прямая версия связывает фамилию с белорусским словом «клунак» — узел, котомка, дорожная сумка. Прозвище Клундук могли дать человеку, который постоянно носил с собой мешок или суму: страннику, бродячему торговцу, а может, просто запасливому крестьянину, не расстававшемуся с пожитками. В этом случае фамилия указывает на род занятий или характерную привычку предка.

Есть и вторая, менее очевидная версия. Она выводит корень из славянского «кленк» — коленопреклонение. Если это так, то прозвище могло закрепиться за человеком набожным, смиренным, возможно, монастырским трудником или тем, кто часто молился на коленях. Но эта гипотеза слабее: переход от «кленк» к «клундук» требует дополнительных фонетических допущений, а прямой связи с бытовым словом «клунак» больше.

Фамилия осталась локальной, не получила широкого распространения за пределами западных регионов. Встречается она редко, и это как раз тот случай, когда прозвище не переделали в отчество, а оставили в исходной форме — так, как называли человека в деревне.