Фамилия Клунко — редкий случай, когда прозвище почти наверняка перешло в фамилию без изменений, только с украинским суффиксальным оформлением. В основе лежит слово «клун» или «клуня». В юго-западных говорах (украинском, белорусском, польском) «клуня» — это хозяйственная постройка, сарай для сена или мякины, иногда — рига. Соответственно, «клун» могло быть прозвищем человека, который работал в такой постройке, жил рядом с ней или владел ею. Но есть и более конкретная версия: в некоторых диалектах «клун» — это не только строение, но и неуклюжий, медлительный человек, которого сравнивали с большим неповоротливым сараем. Такое прозвище могло закрепиться за человеком нерасторопным, тяжелым на подъем.

Суффикс -ко — типичный для украинских и южнорусских фамилий уменьшительно-ласкательный или патронимический. В данном случае он, скорее всего, выполняет роль фамильного форманта, превращая прозвище Клун в фамилию Клунко. Это не «сын Клуна» в прямом смысле, а скорее «человек, которого зовут Клун» с характерным для Восточной Украины окончанием. Аналогичные модели — Бондаренко, Шевченко — работают по тому же принципу, хотя основа у Клунко не профессиональная, а прозвищная.

Географически фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины, где суффикс -ко наиболее распространен. В России она встречается редко, чаще всего у потомков переселенцев с Украины. В польской ономастике есть фамилия Kłunko, но там она могла образоваться от диалектного «kłun» — «клюв» или «нос» (сравните с польским «kłun» — «крюк»), что давало бы прозвище носатому человеку. Однако для русско-украинской традиции версия с «клуней» выглядит убедительнее.

Интересно, что фамилия не имеет дворянских корней и никогда не фиксировалась в родословных книгах. Это стопроцентно крестьянская или казацкая фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по бытовым признакам. В дореволюционных метриках Клунко встречаются в основном в Киевской, Полтавской и Черниговской губерниях. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией нет, что только подтверждает её народное, неэлитарное происхождение.