Фамилия Клунов — редкий пример, где исходное слово почти исчезло из живого языка, но оставило след в прозвищах и фамилиях. Разбирать её логичнее всего с корня «клун-».

В основе лежит древнерусское слово «клуня» — так называли отдельную постройку для хранения сена, мякины или молотьбы, своего рода сарай-ригу. В южных и западных говорах это слово было в ходу до начала XX века. Прозвище Клун могли дать человеку, который жил при такой постройке, сторожил её или, реже, сам построил. Иногда так называли медлительного, неповоротливого человека — по ассоциации с большим и не слишком подвижным строением.

Суффикс -ов указывает на классическую русскую модель «чей?»: Клун → Клунов, то есть сын или потомок Клуна. Форма на -ов характерна для центральных и северных областей России, где фамилии закрепились раньше, чем на юге. Поскольку корень диалектный, географию фамилии стоит искать в зоне распространения слова «клуня» — это Черноземье, юг Рязанской, Тамбовской, Воронежской областей, а также восток Украины.

Версия о связи с польским или чешским «klun» (клюв, нос) маловероятна: слишком далеко от ареала бытования фамилии, и суффикс -ов для западнославянских фамилий нехарактерен. Также не стоит путать Клунова с фамилией Клуновский — та образована от топонима через суффикс -ский, а не от прозвища.

В документах фамилия встречается с XVIII века, но массового распространения не получила: она осталась редкой, без ярко выраженного дворянского или купеческого следа. Носители её в основном крестьянского происхождения, что типично для фамилий, образованных от бытовых реалий.