Фамилия Клунный — один из тех случаев, когда прозвище предка напрямую связано с хозяйственной постройкой. В основе лежит слово «клуня» — так в южных и западных регионах России, а также в Беларуси и на Украине называли ригу, овин или сарай для хранения снопов, сена и половы. В клуне не только держали урожай, но и молотили, веяли зерно. Поэтому первый носитель фамилии, скорее всего, был крестьянином, занятым обмолотом хлеба, либо владельцем такой постройки.

Но у прозвища мог быть и другой, менее очевидный оттенок. Клунным в народе могли назвать лентяя, который прятался от работы за ригой или спал в клуне. Вторая версия не противоречит первой: прозвище могло закрепиться за человеком по поведению, а не по ремеслу.

Фамилия образована с помощью типичного русского суффикса -н-, который указывает на принадлежность: «Клунный» — «тот, кто имеет отношение к клуне». Модель редкая: обычно такие фамилии заканчиваются на -ов или -ин, а здесь мы видим адъективное окончание, характерное скорее для прозвищ, перешедших в фамилии без дополнительных суффиксов. Это говорит о том, что фамилия могла сложиться в среде, где ещё не действовали строгие канцелярские стандарты, — у крестьян или казаков.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и белорусским землям — именно там слово «клуня» было в ходу. Московские переписчики XVII века могли записать прозвище как есть, не переделывая на московский лад. Встречается также вариант «Клунный» с двойной «н» — это поздняя орфографическая норма, закрепившаяся в паспортных записях XIX века.

Однокоренные фамилии — Клунов, Клунников (от «клунник» — работник при клуне). Но Клунный стоит особняком: в нём слышна прямая, неоглаголенная связь с постройкой, а не с профессией.