Фамилия Клунников образована от прозвища Клунник. В его основе — слово «клуня», которое в южных и западных областях России, а также на Украине и в Беларуси означало ригу: хозяйственное строение для хранения снопов, сена, половы, а также для молотьбы и веяния. Таким образом, первым носителем прозвища мог быть человек, работавший в клуне, — молотильщик, веяльщик или просто тот, кто присматривал за этим помещением.

Однако в народной среде прозвища не всегда давали по роду занятий. В старину Клунником могли назвать ребёнка, родившегося в клуне, или подкидыша, найденного там же. Такая практика была распространена: место рождения или обстоятельства появления на свет нередко становились основой для прозвища, которое затем закреплялось за семьёй.

По своей словообразовательной модели фамилия Клунников — типичная русская фамилия на -ов, указывающая на принадлежность потомка человеку по прозвищу Клунник. Суффикс -ник в основе прозвища характерен для названий лиц по месту, действию или предмету (сравните: дворник, сапожник). В данном случае Клунник — это «тот, кто связан с клуней».

Фамилия редкая, в исторических документах встречается нечасто. В основном она зафиксирована в регионах, где слово «клуня» было в обиходе: в южнорусских губерниях (Курская, Орловская, Воронежская), а также на территории современной Украины. Среди однокоренных фамилий — Клунов, Клункин, Клунский, но Клунников отличается именно суффиксом -ник, который прямо указывает на профессиональную или обстоятельственную связь с клуней.