Фамилия Клунников образована от прозвища Клунник, которое восходит к слову «клуня» - «рига», то есть здание для хранения снопов, сена, половы и тому подобного, а также для молотьбы, веяния. Скорее всего, основатель рода Клунниковых собирал и молотил хлеб. Однако, в старину такое прозвище часто давали детям, родившимся в клуне, либо найденным там подкидышам. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Клунник, со временем получил фамилию Клунников.