Фамилия Клунникова — женская форма фамилии Клунников, которая образована по самой распространённой в русском языке модели: от мужского прозвища или имени с помощью суффикса -ов. Если бы основа оканчивалась на -а или -я, появился бы суффикс -ин, но здесь корень твёрдый, поэтому — Клунников. В центре фамилии лежит прозвище Клунник, а оно, в свою очередь, восходит к слову «клуня».

Клуня — это хозяйственная постройка, сарай для снопов, мякины или молотьбы. Слово хорошо известно в южнорусских и украинских говорах, а также в польском и белорусском языках. Человек, которого прозвали Клунником, скорее всего, работал в такой постройке: сторожил зерно, молотил снопы или ведал учётом урожая. Владельца клуни тоже могли так назвать — по владению постройкой. Второй вариант: Клунником могли окрестить нерасторопного, мешковатого человека, по аналогии с глаголом «клуниться» — гнуться, сгибаться под тяжестью, но эта версия менее убедительна, потому что прозвища от названий построек встречаются чаще, чем от глаголов с неочевидной семантикой.

Суффикс -ник в основе указывает на лицо по занятию или по объекту, с которым оно связано: клуня → клунник. Такая словообразовательная цепочка типична для русских фамилий XVIII–XIX веков, когда крестьянам массово присваивали фамилии по их ремеслу или месту жительства. Географически фамилия Клунников тяготеет к югу России и к украинским губерниям — там, где слово «клуня» было в ходу. В центральных и северных регионах его почти не знали, поэтому и фамилия там редка.

В написании через двойную «н» нет ошибки: одна буква принадлежит корню (клун-), вторая — суффиксу (-ник-). Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Клу́нникова, хотя в некоторых говорах могли смещать его на второй. Сословно фамилия почти наверняка крестьянская или казацкая, без дворянского корня — такие прозвища редко закреплялись за высшими слоями.