Фамилия Клунниковы — один из тех редких случаев, когда прозвище предка напрямую указывает на место действия, а не на внешность или характер. В основе лежит слово «клуня» — так в южных и западных губерниях России называли ригу: хозяйственную постройку для хранения снопов, сена и половы, где также молотили и веяли зерно. Человек, которого окрестили Клунником, скорее всего, постоянно работал в этой постройке: собирал и обмолачивал хлеб, присматривал за сушкой снопов. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: прозвище Клунник плюс суффикс -ов, то есть «сын Клунника».

Но у этого прозвища есть и вторая, менее очевидная версия. В народе «клунником» могли назвать ребёнка, родившегося прямо в клуне (например, если роды застали женщину в поле и она успела укрыться в ближайшей риге) или найденного там подкидыша. В таком случае фамилия фиксирует не профессию, а обстоятельства появления человека на свет — и это делает её интересным бытовым свидетельством.

Фамилия Клунниковы географически привязана к южнорусским и украинским землям, где слово «клуня» было в ходу (в северных говорах ригу чаще называли «овин» или «гумно»). Встречаются варианты написания с одним «н» — Клуников, но форма с двойным «н» более характерна для фамилий, образованных от основ на -ник (сравните: Колесник → Колесников, Сапожник → Сапожников).

О точном времени возникновения фамилии судить сложно: процесс закрепления прозвищ в фамилии растянулся на несколько столетий, но массово такие фамилии оформлялись в XVII–XIX веках, когда крестьянам начали присваивать фамилии по занятиям и месту жительства. В любом случае, Клунниковы — это фамилия-профессия (или фамилия-обстоятельство), которая сохранила память о крестьянском быте и хозяйственном укладе тех мест, где хлеб сушили и молотили не в поле, а под крышей клуни.