Фамилия Клунников образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Клунников образована от прозвища Клунник, которое восходит к слову «клуня» - «рига», то есть здание для хранения снопов, сена, половы и тому подобного, а также для молотьбы, веяния. Скорее всего, основатель рода Клунниковых собирал и молотил хлеб. Однако, в старину такое прозвище часто давали детям, родившимся в клуне, либо найденным там подкидышам. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Клунник, со временем получил фамилию Клунников. О точном месте и времени возникновения фамилии Клунников в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Клунников представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.