Фамилия Клуниченко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была характерна для казацкой старшины и мещанства, а позже распространилась по всей территории Малороссии и юга России. Суффикс -енко в таких фамилиях означает «маленький», «сын» или «потомок»: Клуниченко — это буквально «сын Клунича», а Клунич, в свою очередь, — потомок человека по прозвищу Клуня.

Корень фамилии — слово «клуня». В украинском и южнорусских говорах клуня — это хозяйственная постройка, сарай для хранения сена, соломы и молотьбы хлеба. В некоторых диалектах так называли и ригу — строение для сушки снопов. Человек, получивший прозвище Клуня, мог быть владельцем такой постройки, работником при ней или просто жить рядом с ней. В отличие от фамилий, образованных от церковных имён, Клуниченко — прозвищная фамилия, связанная с бытом и хозяйством. Это типичный случай, когда отчество-прозвище закрепилось за родом через два поколения: сначала Клуня, потом его сын Клунич (Клуня + -ич, как Иванович), а уже внук стал Клуниченко.

Сравнение с другими фамилиями помогает точнее понять её природу. Есть фамилия Клуня (без суффикса), Клунин (русская модель на -ин) и Клунич (белорусская или польская модель). Клуниченко стоит в одном ряду с Клуненко и Клуняченко — все они образованы от той же основы, но с разными суффиксами. Географически фамилия чаще всего встречается в Харьковской, Полтавской и Сумской областях, а также в Краснодарском крае, куда переселялись украинские крестьяне в XIX веке.

Версия о связи с английской фамилией Clooney или ирландским именем — несостоятельна. Это случайное созвучие, не имеющее под собой ни исторической, ни языковой основы. Русская и украинская ономастика (работы Б. Унбегауна, В. Никонова) однозначно связывают фамилию со славянской апеллятивной лексикой.

Таким образом, предок современных Клуниченко, скорее всего, был простым сельским жителем, чьё прозвище отражало его связь с хозяйственной постройкой. Никакого благородного происхождения или редкого ремесла за фамилией не стоит — только крестьянский быт и характерная для украинского языка модель образования фамилий.