Фамилия Клунков происходит от прозвища Клунко. В его основе лежит слово «клуня» — так в южных и западных регионах России называли ригу, то есть хозяйственную постройку для хранения снопов, сена, половы, а заодно и для молотьбы с веянием. Предок Клунковых мог быть крестьянином, который собирал и молотил хлеб, — прозвище закрепилось за ним по роду занятий.

Существует и другая версия: Клунко — это мирское имя. В старину так нередко называли детей, родившихся прямо в клуне или найденных там подкидышами. Такое прозвище становилось основным именованием человека, а затем, по модели с суффиксом -ов, легло в основу фамилии. В итоге потомок человека по прозвищу Клунко стал Клунковым.

Фамилия эта довольно редкая. Встречается в основном на юге России и в Беларуси — там, где слово «клуня» было в ходу. По сути, она хранит память о крестьянском быте: рига, молотьба, хозяйственная постройка. Спор между «профессиональной» и «мирской» версией не решается однозначно, но обе говорят об одном: фамилия прочно связана с деревенским укладом и конкретным, почти забытым словом.