Фамилия Клунков образована от прозвища Клунко, которое восходит к слову «клуня» - «рига», то есть здание для хранения снопов, сена, половы и тому подобного, а также для молотьбы, веяния. Скорее всего, основатель рода Клунковых собирал и молотил хлеб. Кроме этого, фамилия могла произойти от мирского имени Клунко. В старину такое прозвище часто давали детям, родившимся в клуне, либо найденным там подкидышам. Так и прозвище Клунко закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Клунков. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Клунко, со временем получил фамилию Клунков.