Фамилия Клунковы, как и многие русские фамилии, начинается с прозвища. В основе лежит слово «клуня». Так в южных и западных регионах России, а также на Украине и в Белоруссии называли хозяйственную постройку — ригу. В клуне хранили снопы, сено, полову, а также молотили и веяли зерно. Человек, получивший прозвище Клунко, мог быть тем, кто работал в этой постройке: собирал и молотил хлеб. Но была и другая, более личная причина. В старину, если ребёнка находили в клуне или он там рождался, его так и называли — Клунко. Мирское имя или прозвище закреплялось за человеком, а затем, по модели на -ов, дало фамилию Клунков.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Клунков, то есть сын Клунка. Фамилия закрепилась в формах Клунков и Клунковы, и это один из тех случаев, когда основа происходит не от церковного имени, а от бытового прозвища, связанного с местом или занятием.

Обратим внимание на слово «клуня». Оно общеславянское, но особенно характерно для говоров юго-запада. Это сужает географию возможного возникновения фамилии: скорее всего, первые Клунковы жили в районах, где слово «клуня» было в ходу, а не, скажем, северное «рига» или «овин». В этом смысле фамилия — не просто «памятник культуры», а точный маркер диалектной и хозяйственной традиции.

Встречаются и однокоренные фамилии: Клунин, Клунников. Они образованы от тех же корней, но с разными суффиксами, что говорит о распространённости прозвища в разных регионах. Клунковы выделяются именно суффиксом -ов, который в русской ономастике стал основным для фамилий крестьян и мещан в XVII–XIX веках.

Точное время появления фамилии Клунковы установить сложно — для этого нужны архивные поиски по конкретным уездам. Но ясно, что в основе лежит не случайное прозвище, а устойчивое именование, связанное с крестьянским бытом и местной лексикой.