Фамилия Кляхер — редкий пример, где сталкиваются две совершенно разные версии происхождения: одна ведет к греческому святому, другая — к немецкому прилагательному со значением «чистый».

Первая и, пожалуй, более известная гипотеза связывает Кляхер с мужским именем Иларий или Иларион. Это имя восходит к греческому hilarios — «тихий, радостный». В православной традиции наиболее почитаемым носителем этого имени считается блаженный митрополит Иларион Печерский, мощи которого покоятся в Киево-Печерском монастыре. Если принять эту версию, то Кляхер — это видоизмененная, возможно, германизированная форма канонического имени. Другими словами, предка могли звать Иларионом, но в быту, под влиянием соседних языков или диалектов, имя трансформировалось в Кляхер, а затем закрепилось как фамилия.

Вторая версия исходит из того, что в основе лежит не имя, а прозвище. Оно могло образоваться от средневерхненемецкого слова klār — «чистый, прекрасный, ясный». В таком случае прозвище Кляхер давали человеку за внешние качества: светлые волосы, ясный взгляд, красивую внешность. Эта версия выглядит прямолинейнее: фамилия буквально описывает предка как «ясного» или «светлого» человека.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Кляхер не имеет типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу указывает на её нерусское, скорее всего, западное происхождение. Окончание -ер характерно для немецких и еврейских (ашкеназских) фамилий, обозначающих профессию или качество. В данном случае Кляхер — это либо адаптированное имя, либо прозвище, которое перешло в фамилию без дополнительных суффиксов. Географически носители фамилии встречаются в основном на территории бывшей Российской империи, что говорит о миграции предков из немецкоязычных или смешанных регионов. Спор между двумя версиями не решен однозначно, но прозвищная версия (от klār) кажется более прямой и менее натянутой, чем сложный путь от Илариона через германское посредничество.