Фамилия Клышников — типичная русская фамилия, образованная по модели «прозвище + патронимический суффикс -ов». Её основа — прозвище Клышник, а сама фамилия буквально означает «сын Клышника» или «потомок Клышника». Суффикс -ов указывает на принадлежность к роду, что характерно для большинства русских фамилий, сложившихся к XVII–XVIII векам.

Разобраться с происхождением самого прозвища Клышник непросто: здесь накладываются друг на друга несколько языковых традиций. Самая распространённая версия связывает его с украинским словом «клишавый» — «косолапый». Если это так, то прозвище дали человеку с характерной походкой или кривыми ногами. Поддерживает эту версию и родственное белорусское слово «клыш» — «хромоножка». В обоих случаях прозвище носило описательный, бытовой характер: в среде крестьян и ремесленников физические особенности часто становились основой для уличного имени.

Однако есть и другая, менее очевидная линия. Слово «клыш» встречается в тюркских языках (ср. турецкое kılıç, казахское қылыш) и означает «меч, сабля». В этом случае прозвище Клышник мог получить оружейник, воин или человек, чем-то напоминавший саблю — например, острый на язык или резкий в движениях. Тюркская версия не выглядит натянутой: южные и восточные регионы России исторически соседствовали с тюркоязычными народами, и такие заимствования в прозвищах — обычное дело.

Одно из первых письменных упоминаний однокоренного прозвища относится к середине XVI века. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского зафиксирован Клыш — крестьянин, живший в Новгородских землях. Эта запись ценна тем, что показывает: прозвище бытовало на русском Севере, где влияние тюркских языков было минимальным. Значит, для новгородского Клыша версия с «хромотой» или «косолапостью» правдоподобнее, чем «меч». Но фамилия Клышников могла возникнуть независимо в разных регионах, и в каждом случае — с разным исходным значением.

Как именно прозвище Клышник закрепилось за конкретным человеком, мы уже не узнаем. Но ясно, что оно было достаточно употребительным, чтобы вытеснить крестильное имя и перейти в фамилию. В итоге потомки того, кого в своё время прозвали Клышником, стали Клышниковыми.