Фамилия Клышникова образована от прозвища Клышник, которое восходит к украинскому слову «клишавый» - «косолапый». Однако не исключено, что в его основе лежит родственное белорусское слово «клыш» - «хромоножка». По другой версии, фамилия Клышникова имеет тюркские корни и ведет свое начало от слова «клыш» - «меч, сабля». В этом случае прозвище Клышник мог получить смелый, храбрый воин или тот, кто занимался изготовлением мечей, сабель. Одно из первых упоминаний однокоренного прозвища в письменных источниках относится к середине XVI века: в «Ономастиконе» С.Б. Так и прозвище Клышник закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Клышникова. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Клышник, со временем получил фамилию Клышникова.