Фамилия Клышникова — женская форма фамилии Клышников, которая образовалась от прозвища Клышник. Чтобы понять её происхождение, нужно разобраться, откуда взялось само прозвище. Здесь есть несколько версий, и ни одна из них не очевидна.

Наиболее вероятная версия связывает Клышника с украинским словом «клишавый» — «косолапый», то есть человек с необычной, неуклюжей походкой. Поддерживает эту гипотезу и родственное белорусское слово «клыш» — «хромоножка». В таком случае прозвище давали по заметной физической особенности: человек прихрамывал или косолапил. Это объяснение самое прямое и бытовое.

Есть и другая, более редкая версия — тюркская. Слово «клыш» в некоторых тюркских языках означает «меч» или «сабля». Если так, то прозвище Клышник мог получить либо смелый воин, либо ремесленник, который эти мечи ковал. Эта версия правдоподобна для южных регионов России, где было сильное тюркское влияние, но для центральных и северных областей менее характерна.

Какая из версий вернее? Поскольку фамилия Клышникова встречается в основном в русских и украинских регионах, а не в тюркоязычных, первая версия — от «клишавый» — выглядит убедительнее. Прозвища по физическим недостаткам были очень распространены на Руси: Косой, Хромой, Шепель, Клышник в том же ряду.

В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминаются однокоренные прозвища середины XVI века, что подтверждает древность этой словообразовательной модели. Фамилия Клышникова закрепилась за потомками человека, которого в округе знали как Клышника. Суффикс -ов-/-ев- в основе Клышников указывает на принадлежность: «сын Клышника». Женская форма на -а — это стандартный грамматический вариант для русских фамилий.