Фамилия Клюбины (в документальной форме — Клюбин) происходит от личного прозвища Клюба. В основе, скорее всего, лежит диалектное прилагательное «клювый» — хороший, статный, видный, красивый. Чередование согласных В/Б в корне — результат исторических фонетических процессов в русском языке. Таким образом, прозвище Клюба давали человеку приметной, представительной внешности.

Менее убедительна версия, связывающая фамилию со словом «клюв». Семантика «красивый, видный» встречается в северных и сибирских говорах, что может указывать на возможную географию возникновения фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Клюбы. Такая модель была одной из самых продуктивных в XVI–XVII веках, особенно в среде крестьян и посадских людей.

Фамилия Клюбин — нечастый случай, когда в основе лежит не имя, а именно прозвище с положительной оценкой. Точное время и место её появления не установлены, но она входит в пласт старых русских фамилий, образованных от прозвищ, характеризовавших внешность человека.