Фамилия Клюбина образована от прозвища Клюба, которое ведет свое начало от диалектного «клювый» – «хороший, гожий, красивый, статный, видный». Следовательно, прозвище Клюба указывает на особенности внешности основателя рода. По другой версии, это прозвище этимологически связано с глаголом «клубить», то есть «вздымать клубами, волнами». В этом случае прозвище Клюба относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности основателя фамилии: он мог быть моряком. Чередование в/б, у/ю объясняется историческими изменениями в языке, происодившими в ходе развития языка. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Клюба, со временем получил фамилию Клюбина.