Фамилия Кнохинов — редкая и по звучанию не сразу русская. Её основа, Кнохин, скорее всего, восходит к прозвищу или имени, которое в русском языке не встречается. Здесь ключ к разгадке — суффикс -ин, который обычно образует фамилии от основ на -а/-я (как Пушкин, Ильин). Но в данном случае он стоит после корня, оканчивающегося на согласную, что нехарактерно для исконно русских моделей. Это указывает на иноязычное происхождение.

Наиболее вероятная версия — фамилия еврейская. Основа Кнохин может быть русифицированной формой от еврейского имени или прозвища. Например, от имени Кнох (вариант имени Кнохем, уменьшительного от Йехонатан, или же от прозвища, связанного с профессией или внешностью). В среде евреев-ашкеназов на территории Российской империи фамилии на -ин нередко давали по отцу (патроним) или по роду занятий, адаптируя их под русскую грамматику. Так возникли фамилии вроде Кнохиных, Кнохинских.

Менее вероятна, но возможна версия о происхождении от немецкого или голландского корня. В немецком есть слово «Knochen» (кость). Прозвище Кнох могло дать человеку очень худому или, наоборот, костистому. Но в таком случае ожидалась бы фамилия Кнохенов или Кнохов, а не Кнохинов. Форма с -ин- говорит о том, что исходное прозвище было Кноха (с окончанием -а), что более типично для восточнославянской среды, куда оно могло попасть через контакты с немецкими колонистами.

Географически фамилия Кнохинов встречается в основном на юге России и Украины, а также в некоторых регионах Беларуси — там, где исторически были еврейские местечки и немецкие поселения. Это косвенно подтверждает обе версии. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они были мещанами или ремесленниками, а не крестьянами — в крестьянской среде такие редкие, нетипичные для русской фонетики фамилии почти не встречались до массовой паспортизации в XIX веке.