Фамилия Кнуев — редкий пример, где прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив первоначальную резкость. В её основе лежит слово «кну» — в древнерусском языке так называли кнут, бич, плеть. Человек по прозвищу Кнуй (или Кнуйко) мог получить его по разным причинам: либо за крутой нрав и склонность к расправе, либо за профессию — погонщика скота, возчика, который работал кнутом. В некоторых говорах «кнуем» называли и того, кто сам постоянно ходил битым, то есть неудачника, но эта версия менее вероятна: прозвища чаще давали по активному признаку.

Модель образования Кнуев — стандартная для русских фамилий: к основе на -й (Кнуй) добавляется суффикс -ев, указывающий на принадлежность роду. То есть Кнуев — буквально «сын Кнуя». Суффикс -ев, а не -ов, появился из-за мягкого звука на конце основы: после «й» идёт именно -ев, а не -ов. Это же правило даёт фамилии Скобелев (от скобель) или Булгаков (от булга — беспокойство).

Встречаемость фамилии крайне низкая. По данным переписей, Кнуевы рассеяны в центральных и северных областях России, но без выраженного гнезда. Это говорит о том, что фамилия не образовалась в одном селе, а возникала в разных местах независимо — каждый раз, когда появлялся человек с прозвищем Кнуй. В дореволюционных метриках можно найти единичные записи по Вятской, Костромской и Вологодской губерниям.

Интересно, что фамилия Кнуев — из числа тех, что почти не дали однокоренных «родственников». В отличие от Плетнёвых или Бичевых, где основа очевидна, Кнуев стоит особняком: слово «кну» вышло из активного употребления уже к XVIII веку, уступив место «кнуту». Поэтому для носителя фамилии это не просто указание на профессию или характер предка, а окаменевший след живого древнерусского слова, которое исчезло из языка.