Фамилия Кобунси — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно. Первое, что бросается в глаза: окончание -и, нетипичное для исконно русских фамилий, которые чаще заканчиваются на -ов, -ин или -ский. Такое окончание характерно для фамилий украинских, белорусских или польских, а также для фамилий, образованных от прилагательных во множественном числе (типа Косых, Бедных). Но Кобунси — не прилагательное.

Скорее всего, перед нами фамилия, заимствованная из японского языка. «Кобунси» (高分子) в японском означает «полимер» или «высокомолекулярное соединение». Это научный термин, который вряд ли мог стать фамилией в Японии, где фамилии чаще всего связаны с географией или природой. Однако в русском контексте фамилия могла появиться как русификация японской фамилии Кобунаси (например, 小無し — «без мелочи» или «маленький»), где конечное «и» — это русское окончание, добавленное для удобства склонения. Либо это искажённое написание фамилии Кобунаси, которое закрепилось в документах.

Версия о славянском корне маловероятна. В русском языке нет слова «кобунс» или «кобунса», которое могло бы лечь в основу. Приставка «ко-» редко встречается в фамилиях, а суффикс -унс нехарактерен. Единственный возможный славянский след — диалектное «кобун» (вид судна или утварь, но это крайне локально). Если бы фамилия была образована от прозвища, мы бы видели форму Кобунов или Кобунский.

Таким образом, наиболее правдоподобное объяснение: Кобунси — это японская по корню фамилия, адаптированная русским языком. Носители такой фамилии в России, скорее всего, имеют дальневосточные корни или связаны с Японией через браки, эмиграцию или исторические контакты (например, потомки русских эмигрантов, живших в Японии, или японцев, переехавших в СССР). Фамилия крайне редкая, и её носители могут быть потомками людей, чья фамилия была изменена при записи в советских паспортах. Уточнить ареал бытования можно только по открытым базам данных, но массовой она не была никогда.