Фамилия Кобунов образована от прозвища или нецерковного имени Кобун. В древнерусском языке слово «кобун» означало «колдун, знахарь, ворожея». Корень «кобь» — гадание, предсказание, колдовство — встречается в памятниках письменности с XI века. Соответственно, Кобуном могли прозвать человека, занимавшегося ворожбой, лечением заговорами или предсказаниями, либо дать такое имя ребенку в качестве оберега — считалось, что «плохое» имя отпугивает злых духов.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Кобунов — сын Кобуна. Фамилия закрепилась в северных и центральных губерниях России, особенно в Вятской, Пермской и Костромской. Там, в среде старообрядцев и крестьянского населения, дольше сохранялись древние прозвища, связанные с народными верованиями.

Встречается и более редкая версия: от тюркского «кобун» — «множество, толпа». Но она менее убедительна, так как фамилия не имеет характерных тюркских суффиксов и не фиксируется в южных регионах, где сильны тюркские влияния.

Родственные фамилии — Кобузов, Кобев, Кобин — образованы от того же корня, но с разными суффиксами. Кобунов отличается именно простой формой «прозвище + -ов», без усложнения. В дореволюционных метрических книгах фамилия записывалась последовательно через «о», без вариантов вроде Кабунов — такая форма встречается, но это уже отдельная фамилия от прозвища Кабун (кабан).

Сословно Кобуновы — почти поголовно крестьяне и мещане. Дворянских родов с этой фамилией не известно. Сегодня фамилия редкая, встречается в Пермском крае, Кировской области и на Урале — там, где и сто-двести лет назад.