Фамилия Кобута — редкий случай, где прозвище стало фамилией без дополнительных суффиксов. В отличие от распространённых моделей вроде Иванов (чей-то сын) или Кобутин (чей-то человек), форма Кобута — это застывшее личное прозвище, которое не переделывали под стандартные фамильные окончания. Такое явление чаще встречается на западе и юге России, в частности на украинских и белорусских землях, где фамилии нередко оставляли в чистом виде.

Само слово «кобута» в славянских говорах многозначно. В одних диалектах так называли неуклюжего, неповоротливого человека (от «кобениться» — гнуться, ломаться). В других — кобутой могли прозвать того, кто постоянно копошится, возится, делает что-то медленно и бестолково. Есть и более конкретное значение: в польском языке «kobuta» — это старая, разбитая обувь, и прозвище могли дать сапожнику, который чинил такую обувь, или неряхе, который её носил.

Ономастический словарь Б. Унбегауна относит подобные бессуффиксные фамилии к древнейшему пласту, когда прозвище переходило на потомков без изменений. В случае Кобуты мы видим именно такую архаичную модель: предка прозвали по какой-то характерной черте или занятию, и это слово закрепилось как родовое имя. Сравните с однокоренными фамилиями Кобута, Кобут, Кобутин — все они восходят к общему корню, но Кобута сохранила исходную форму прозвища наиболее прямо.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам: встречается в Брестской и Гродненской областях Беларуси, а также в приграничных районах Польши и Украины. Это подтверждает западнославянское или балтийское влияние на корень. В центральной России фамилия редка, что тоже указывает на её региональное происхождение.