Фамилия Кодубенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVI–XVII веках была распространена в Поднепровье, на Левобережье и Слобожанщине. Суффикс -енко в украинской ономастике изначально указывал на «малого» или «потомка»: Кодубенко — сын или ученик человека по прозвищу Кодуб. Основа фамилии неочевидна, и здесь возможны две версии, одна из которых заметно правдоподобнее.

Первая и самая прямая версия: прозвище Кодуб образовано от слов «кодло» или «кодуб» — в украинских говорах так называли грубого, неотёсанного человека, а иногда и просто бродягу или сварливого старика. Слово имеет корень, родственный «кудели» (путаные нити) и переносному значению «путаник, вздорный человек». Если предок получил такое прозвище, фамилия закрепила за его родом характеристику, данную скорее за поведение, чем за профессию.

Вторая версия, более редкая, связывает основу с тюркским «код» (котел, чан) или «куб» (большой сосуд). В этом случае Кодуб мог быть прозвищем бондаря или пивовара — мастера, который делал или чинил котлы, чаны, кадушки. Однако для украинской среды такое заимствование менее типично, чем славянское прозвище по характеру.

Фамилия Кодубенко не встречается в списках дворянских родов Российской империи — это крестьянская или казацкая фамилия. Её география сегодня сосредоточена в центральных и восточных областях Украины (Черкасская, Полтавская, Киевская), а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани и в Сибири. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться с колебаниями: Кодубенко, Кодубенко, реже Кодубенко — с двойным «н» под влиянием русской орфографии. В целом, носитель этой фамилии с высокой вероятностью происходит из среды украинского крестьянства или казачества, а его предок носил характерное прозвище, которое либо высмеивало нелюдимость, либо указывало на ремесло, связанное с деревянной посудой.