Фамилия Кадубенко — типичный пример украинской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. Эта модель была особенно распространена в Левобережной Украине и означала «сын» или «потомок»: Кадубенко — буквально «сын Кадуба».

В основе фамилии лежит прозвище Кадуб, которое напрямую связано с украинским словом «кадуб» — кадка. В старину кадку сколачивали из деревянных клёпок (дощечек) и стягивали металлическими или деревянными обручами. Её главное отличие от бочки было в положении: кадка стояла вертикально, а бочку, закрыв крышками, можно было положить на бок и перекатывать.

Скорее всего, прозвище Кадуб относилось к так называемым профессиональным именованиям. Бондарное ремесло было в большом почёте: кадки использовали для хранения солений, круп, мёда и воды. Если человек в округе слыл Кадубом, значит, его главным занятием было изготовление именно этой необходимой в хозяйстве посуды. Со временем прозвище закрепилось за родом, и потомок мастера-кадника получил фамилию Кадубенко.

Слово «кадуб» имеет и другое, более редкое значение — «толстый, неповоротливый человек». Однако в контексте фамилии, образованной от ремесленного прозвища, версия с бондарем выглядит убедительнее. Украинские фамилии на -енко часто фиксировали именно род занятий предка, а не его внешность.