Фамилия Кофлюк — редкий пример восточнославянской фамилии, в основе которой почти наверняка лежит тюркское слово «коф» или «кофь», означающее «горный баран» или «архар». В украинском и южнорусском говорах это слово могло закрепиться как прозвище — либо за человека с кудрявой, густой шевелюрой, напоминающей шерсть барана, либо за упрямого и своенравного человека. Суффикс -юк характерен для украинской фамильной модели, особенно распространённой на Волыни, Подолье и в западных областях. Он указывает на принадлежность: Кофлюк — буквально «сын Кофла» или «потомок Кофла». Сама основа «Кофел» (с беглой гласной) — это усечённая форма прозвища Кофёл, где суффикс -ел мог играть уменьшительную или пренебрежительную роль.

Версия о связи с еврейским именем Коф (от ивритского «обезьяна») или с греческим «кофи» (кофе) менее правдоподобна: фамилия Кофлюк не встречается в ашкеназских списках, а корень «коф» в значении «кофе» проник в славянские языки слишком поздно, чтобы породить стойкую фамилию к XVII–XVIII векам. Географически фамилия тяготеет к западноукраинским регионам — Львовская, Тернопольская, Ивано-Франковская области, где фиксируются её носители в метрических книгах XIX века. Сословно предки Кофлюков, скорее всего, были крестьянами или мещанами: в польско-литовский период такие фамилии на -юк массово давались сельским жителям Галиции и Волыни.

Если рассматривать более экзотическую гипотезу, то «кофлюк» могло быть диалектным вариантом слова «кофлик» — так в некоторых говорах называли короткий кафтан или куртку (от тюркского «кафтан»). Тогда прозвище могло закрепиться за портным или за человеком, носившим такую одежду. Однако в письменных источниках это слово не зафиксировано, поэтому версия с «горным бараном» остаётся основной. Фамилия не имеет отношения к дворянству или известным историческим родам: она бытовала в народной среде и сохранилась как живое напоминание о прозвище, данном по внешности или характеру предка.