По одной из версий, оно ведет свое начало от еврейского нарицательного «kohen» - «священник». В иудаизме коген (коэн) – любой прямой потомок Аарона, брата пророка Моисея, назначенного первосвященником евреев. Когены были священнослужителями, приносившими жертвы. Когены играют большую роль и в современной ритуальной практике иудаизма: в частности, они благословляют народ, им отдают выкуп за первенца, при чтении торы в синагоге первым вызывают когена. При молитве коген должен накрывать свою голову талесом, что символизирует особое Божье покровительство. Вероятно, прозвище Когунь содержало указание как на род деятельности (священнослужитель), так и на социальное положение (уважаемый, находящийся в почете) основателя фамилии. Согласно другой гипотезе, основой для прозвища послужило диалектное слово «кагун» - так в старину называли воронежцев, потому что они говорят «каго», «ягo» (родительный падеж, ед. число от «кто», «он»). В таком случае прозвище Когунь отражало и место жительства предка, и особенности его речи.