Фамилия Когунь — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Прямых аналогов среди распространённых русских фамилий немного, поэтому исследователям приходится рассматривать две основные, совершенно разные версии.

Первая отсылает к еврейскому слову «коэн» (kohen) — «священник». В иудаизме коген — это прямой потомок Аарона, брата Моисея, назначенного первосвященником. Когены исторически выполняли храмовые функции, приносили жертвы, а в современной ритуальной практике сохраняют особый статус: благословляют народ, первыми вызываются к чтению Торы, получают выкуп за первенца. Во время молитвы коген накрывает голову талесом, что символизирует особое покровительство Бога. Если фамилия Когунь восходит к этому корню, то прозвище указывало не только на род деятельности (священнослужитель), но и на высокое социальное положение — уважаемый, почётный человек.

Вторая версия — чисто славянская, диалектная. В старину жителей Воронежа и окрестностей дразнили «кагунами» из-за их манеры говорить. В местном говоре формы родительного падежа звучали как «каго» (вместо «кого») и «яго» (вместе «его»). Прозвище Когунь, таким образом, могло закрепиться за человеком именно по месту жительства или по характерной «окающей» речи. В этом случае фамилия — яркий пример того, как региональные языковые особенности становились семейными прозвищами.

Обе гипотезы имеют право на жизнь. Какая из них верна для конкретной семьи Когунь, можно попытаться выяснить по географии: если корни фамилии ведут в чернозёмные области России, вероятнее вторая версия; если же в западные губернии или в среду еврейского населения — первая.