Фамилия Когун — редкий пример, где внешняя простота обманчива. На первый взгляд, её можно принять за типичную тюркскую фамилию на -ун (как Ягун, Токун), но корень здесь, скорее всего, вообще не тюркский. Самая правдоподобная версия: фамилия образована от прозвища Когун, которое в русских говорах означало «петух». В диалектах Вологодской и Архангельской областей слово «когун» (или «кокун») фиксировалось именно в этом значении. Прозвище давали драчливому, задиристому или, наоборот, важному, степенному мужчине, который держался с петушиной осанкой.

Модель образования простая: прозвище без дополнительных суффиксов стало фамилией. Это характерно для украинской и южнорусской традиции, где фамилии часто застывали в форме чистого прозвища (Шум, Голубь, Сокол). Однако в данном случае суффикс -ун мог выполнять роль усилителя: когун — «тот, кто когочет», то есть громко кричит. Если так, то в основе лежит звукоподражательный глагол «кокать», «кокотать» (кудахтать).

Есть и более экзотическая версия, связанная с еврейским ашкеназским именованием. В идише «коган» (Cohen) — обозначение священнического сословия, но в восточноевропейской записи фамилию могли исказить до Когун. Однако эта гипотеза слаба: у фамилии нет типичных еврейских суффиксов (-ман, -зон, -берг), а форма Когун не встречается в документах еврейских общин. Вероятнее, что перед нами редкий случай чисто славянского или, точнее, севернорусского прозвища, которое не попало в массовые переписи и сохранилось только локально.

Географически фамилия привязана к Русскому Северу и Поволжью. Встречается в Архангельской, Вологодской областях, а также в Чувашии и Татарстане — туда её могли занести переселенцы в XVII–XVIII веках. В украинских метриках Когун почти не фиксируется, что косвенно подтверждает северное происхождение. Носители фамилии, судя по архивным данным XIX века, были в основном государственными крестьянами и мещанами — никакого дворянского следа за Когунами не числится.