Фамилия Когуа — редкий случай, когда географический корень почти очевиден, а способ образования ставит в тупик. Скорее всего, перед нами фамилия, занесённая в русский быт из грузинского или абхазского языков. В Грузии и Абхазии распространены фамилии на -уа, -иа, -ва (например, Гулиа, Багапш, Шамба). Форма Когуа с ударением на последний слог (Когуа́) или на первый (Ко́гуа) точно восходит к западно-кавказскому ономастикону. Основа «Ког» может быть вариантом грузинского имени Коге или абхазского прозвищного имени, связанного с родом занятий или тотемом.

В русской среде фамилия не получила типичных суффиксов -ов, -ев или -ин, потому что была заимствована уже в готовом виде, без русификации. Это отличает её от подавляющего большинства русских фамилий, образованных от прозвищ или крестильных имён. Если предки носителя фамилии жили на Кавказе, то Когуа могла означать принадлежность к определённому роду или селу. В абхазском языке элемент «-уа» часто указывает на происхождение: «человек из» или «сын такого-то».

Вторая версия, менее вероятная, — искусственное происхождение. В XIX — начале XX века при переписях и паспортизации крестьянам могли записать фамилию на слух, исказив редкое местное имя или прозвище. Но для Когуа это маловероятно: форма слишком характерна для кавказской языковой семьи. В дореволюционных метриках и ревизских сказках центральной России эта фамилия не встречается, что подтверждает её региональную привязку.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет. Можно вспомнить Коган (еврейская фамилия) или Когтев (от «коготь»), но это ложные параллели — корни разные, суффиксы не совпадают. Так что Когуа стоит особняком: это не переосмысленное прозвище, а прямой след переселения или смешения культур, скорее всего, с Черноморского побережья Кавказа.