Фамилия Кокзенова — редкий случай, где географическая привязка говорит больше, чем разбор корня. Скорее всего, перед нами не русская фамилия в привычном понимании, а обрусевшая фамилия тюркского происхождения. Основа «кокзен» или «коксен» восходит к тюркским языкам (татарскому, башкирскому, казахскому), где «кок» (күк) означает «синий», «небесный», а «зен»/«сен» — суффикс, образующий прилагательные или имена. Вместе слово могло означать «синеватый», «голубоватый» либо быть прозвищем человека со светлыми глазами или синеватой кожей (например, от болезни или особенности). Вторая версия: «Кокзен» — искажённое «Кокшен» от названия реки Кокшеньга в Вологодской области, но это менее вероятно, так как суффикс «-ен» нехарактерен для русских топонимических фамилий.

Суффикс «-ова» указывает на принадлежность: фамилия образована по русской модели от мужской формы Кокзенов, то есть «чей?» — сын или потомок Кокзена. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крестьян и служилых людей, когда тюркское прозвище русифицировали, добавив окончание. В документах фамилия могла писаться по-разному: Кокзенов, Кокзенова, реже Коксенов. Из-за редкости её сложно привязать к конкретному сословию, но носители, скорее всего, происходят из районов Поволжья, Приуралья или Западной Сибири, где тюркские и русские фамилии смешивались веками.

Интересная деталь: фамилия почти не встречается в центральной России. По данным редких упоминаний, Кокзеновы — это, вероятно, потомки крещёных татар или башкир, которые перешли в православие и получили фамилию по родовому прозвищу. В отличие от фамилий вроде Кокорев или Кокшаров, где корень связан с птицами или предметами, Кокзенова держится на цветовой характеристике — признаке, который давали человеку, а не его занятию.