Фамилия Кокенов звучит непривычно для русского уха, и это прямой намёк на её происхождение. Скорее всего, перед нами не славянская, а тюркская фамилия, русифицированная с помощью патронимического суффикса -ов. В русской традиции этот суффикс означает «чей?» — то есть Кокенов буквально переводится как «сын Кокена» или «принадлежащий Кокену».

Основа фамилии — тюркское мужское имя Кокен. Оно, в свою очередь, восходит к слову «кёк» (gök) в тюркских языках, которое имеет два основных значения: «небо, небесный» и «синий, голубой» (реже — «зелёный»). В ономастике тюркских народов имена, связанные с небом, были распространены и несли сакральный смысл, указывая на божественное покровительство или «небесное» происхождение. Кроме того, имя могло быть связано с цветом глаз или волос (синеглазый человек), либо указывать на цветовую символику в родовой тамге.

Встречается фамилия преимущественно у народов Поволжья и Урала — татар, башкир, казахов. В русских документах и метрических книгах она появилась не ранее XVIII–XIX веков, когда тюркские народы начали массово получать фамилии по отцу, подстраивая их под русскую грамматику. До этого человек мог называться просто Кокен, без фамильного окончания.

Интересно, что суффикс -ов в данном случае работает как маркер социального статуса: он типичен для фамилий крестьян и мещан, которые оформлялись по принципу «чей сын». Дворянские тюркские роды чаще сохраняли фамилии на -ин или вовсе без суффикса. Так что предки Кокеновых были, вероятно, людьми служилыми или податными сословиями, а их прозвище закрепилось как родовое имя.