Фамилия Кокенова — это женская форма фамилии Кокенов, и её происхождение стоит искать в тюркской ономастике. Основа фамилии, «Кокен», скорее всего, восходит к личному имени или прозвищу. В тюркских языках, особенно в казахском и башкирском, слово «көк» означает «синий», «небесный» или «зеленый», а также может иметь сакральное значение — «небо», «божественный». Уменьшительно-ласкательная форма «Кокен» могла означать «синеглазый», «небесный» или быть именем, данным ребенку с пожеланием быть под защитой неба. Таким образом, фамилия Кокенова могла образоваться от имени Кокен, которое давали человеку с голубыми глазами, что редкость для степных народов, или как оберег.

Модель образования фамилии типична для русской традиции, адаптированной в среде тюркских народов: к основе «Кокен» добавили русский патронимический суффикс «-ов», указывающий на принадлежность («чей?» — Кокенов), а затем оформили женский вариант с окончанием «-а». Такая схема широко распространена среди казахов, татар и башкир, где фамилии часто закреплялись в XIX–XX веках по русскому образцу. Географически фамилия Кокенова чаще всего встречается в Казахстане, особенно в западных и южных регионах, а также среди башкир и татар в Оренбургской области и Башкортостане.

Есть и другая, менее вероятная версия: основа «Кокен» может быть связана с диалектным словом «кокен» — так в некоторых говорах называли петуха или курицу. В этом случае прозвище Кокен мог получить человек с петушиным характером или внешностью, но такая трактовка спорна, так как тюркская основа с небесной символикой выглядит более логичной для региона. В любом случае, фамилия Кокенова не имеет отношения к русским корням и прочно связана с кочевой культурой, где имена часто отражали природные явления или внешность.