Фамилия Какенова — типичная для казахской ономастики, она образована от мужского имени Какен. В основе лежит диалектный вариант имени Хакен, которое восходит к арабскому корню и переводится как «истинный», «правдивый». Родители, называя сына Какеном, закладывали пожелание честной и справедливой жизни. Модель образования здесь простая: к имени добавили русский патронимический суффикс -ов (в женском роде — -а), что характерно для фамилий, оформленных в XIX–XX веках по русскому образцу среди казахов.

Существует и вторая версия, хотя она менее убедительна. Согласно ей, в основе фамилии лежит не имя, а прозвище Какен, которое связывают с казахским словом «кокин» — «алая ткань». Если принять эту гипотезу, прозвище могло относиться к профессиональным: так могли назвать ткача, красильщика тканей или торговца мануфактурой. Однако ономастическая логика чаще отдаёт предпочтение первой версии, поскольку личные имена в качестве основы для фамилий в казахской среде встречаются гораздо чаще, чем прозвища от ремёсел.

Фамилия Какенова фиксируется в исторических документах. В Книге памяти Омской области есть записи о нескольких носителях. Например, Какенов Габдулла, родившийся в 1910 году, и Какенов Жекомурат — оба казахи, проживавшие в ауле Казлагас Москаленского района. Там же упомянут Какенов Кажахмет Хусаинович, родившийся в 1882 году в ауле Жандай Шербакульского района Омской области. Эти записи показывают географию бытования фамилии в приграничных с Казахстаном районах Западной Сибири, куда в XIX — начале XX века переселялись казахские семьи.