Фамилия Колистратенко построена по той же модели, что и украинские фамилии вроде Иваненко или Петренко: суффикс -енко изначально указывал на отчество — «сын такого-то». В основе лежит имя Колистрат (церковная форма — Каллистрат), которое в русском и украинском быту часто произносили с начальным «Ко-». Это имя греческого происхождения, от kallistratos — «прекрасный воин», и в святцах связано с мучеником Каллистратом, почитаемым православной церковью.

Исходное имя давалось при крещении, а фамилия Колистратенко закрепилась за потомками человека по имени Колистрат. Форма с суффиксом -енко особенно характерна для Левобережной Украины и южнорусских земель (Курская, Воронежская области), где в XVII–XIX веках активно формировались фамилии этой модели. Встречаются и варианты написания: Калистратенко (ближе к церковному произношению) или Калистратов — по русской модели с суффиксом -ов.

Таким образом, фамилия Колистратенко — это типичное украинское отчество, образованное от крестильного имени Колистрат, и её носители — потомки человека, носившего это редкое, но звучное имя.