Фамилия Колнагуз — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а старинное прозвище, связанное с физической особенностью или манерой поведения. Разбирать её удобнее всего с конца: суффикс -уз нетипичен для русской фамилии. В русском языке он почти не встречается, зато характерен для тюркских языков, где -уз часто означает «лицо», «лик» или «морда». Первая часть, колна-, скорее всего, восходит к диалектному или искажённому «колода», «колодник» — то есть нечто тяжёлое, неповоротливое, громоздкое. Вместе «колнагуз» могло означать человека с грубым, тяжёлым лицом или того, кто хмур и угрюм, «насупился, как колода».

Версия о тюркском происхождении выглядит правдоподобнее, чем попытки вывести фамилию из немецкого или финно-угорского: суффиксальная модель -уз известна в татарских, башкирских, чувашских прозвищах. В русских говорах Поволжья и Приуралья встречаются фамилии с похожей структурой — например, Болдырев, Карагузов. Колнагуз могла возникнуть в среде, где русское и тюркское население веками жило рядом, и прозвище закрепилось за переселенцем или крестьянином, получившим «уличное» имя по характерной внешности.

Фамилия недворянская, не встречается в родословных книгах. Её носители — скорее всего, крестьяне или однодворцы южных и восточных губерний России. В современных базах данных Колнагуз встречается редко, в основном в Краснодарском крае, Ростовской области и на Украине — то есть там, куда в XIX веке переселялись крестьяне из центральных и поволжских губерний. Учитывая редкость, можно предположить, что почти все носители фамилии — потомки одной или двух семей, разошедшихся по разным регионам.

Единственное, что можно сказать о происхождении с уверенностью: фамилия не связана ни с каким ремеслом или занятием. Она описывает человека — возможно, не слишком общительного или обладателя крупных черт лица. В этом смысле Колнагуз стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Глазунов, Рылов, Носов, но с более редкой и выразительной основой.