Фамилия Колнашеев — редкая, но прозрачная по составу. Её основа «Колнаш» — это, скорее всего, прозвище или вариант личного имени. В русских говорах и в ономастике слово «колна» или «колно» могло означать нечто гнутое, кривое, изогнутое (сравните с диалектным «колна» — дуга, изгиб). Отсюда прозвище Колнаш могли дать сутулому человеку или тому, кто гнул дуги, делал ободья для сит и решёт. Суффикс «-еев» — это вариант более распространённого «-ев», который присоединяли к основам на мягкий согласный или шипящий. В данном случае «-ш» перешло в «-шеев» по правилам русской морфонологии: Колнаш → Колнашев, а с учётом редкого окончания «-еев» — Колнашеев.

Модель образования типична для северных и центральных регионов России: прозвище + патронимический суффикс. Фамилия означает «сын Колнаша». География бытования фамилии узкая — встречается преимущественно в Кемеровской области и в некоторых районах Сибири. Это может указывать на переселенческий поток из Вятской или Пермской губерний, где подобные прозвища фиксировались чаще.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) нет прямого упоминания «Колнашеев», но разбор по модели подтверждает его природу. Версия о тюркском корне (например, от «кол» — рука, «наш» — что-то) маловероятна: фамилия не имеет характерных тюркских аффиксов и звучит как чисто русское образование от диалектного слова. Предки носителя фамилии, скорее всего, были ремесленниками, связанными с обработкой дерева или металла, либо получили прозвище по внешней примете.