Фамилия Колнышенко — яркий пример украинской модели образования фамилий с суффиксом -енко. Это один из самых распространённых типов фамилий в Украине, указывающий на происхождение от отца («сын такого-то»). В основе фамилии лежит прозвище или имя Колныш, которое, в свою очередь, является производным от более древнего корня.

Корень «кол-» в славянских языках многозначен. Самая очевидная версия — связь с ремеслом или орудием труда. «Колоть» (дрова, мясо) или «кол» (заострённая палка, колышек). Прозвище Колныш мог получить человек, который занимался колкой дров, изготовлением кольев (например, для забора или строительства), либо тот, кто был худым и прямым, как кол. В украинском языке есть слово «кіл» (кол), а «колниш» — это человек, имеющий отношение к этому предмету: либо мастер, либо обладатель характерной внешности.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с именем Николай. В украинской народной традиции имя Николай (Микола) могло трансформироваться в уменьшительные формы вроде Колныш, особенно в западных регионах. Однако для этой гипотезы мало лингвистических подтверждений: переход от «Микола» к «Колныш» нехарактерен для украинской фонетики.

Географически фамилия Колнышенко встречается преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев в России (Кубань, Поволжье). В дореволюционных метрических книгах её носители чаще всего числились крестьянами или казаками — сословиями, где фамилии на -енко были нормой.

Интересно, что фамилия Колнышенко не имеет аналогов с другими суффиксами (например, Колнышев или Колнышко), что говорит о её локальном, «гнездовом» происхождении. Скорее всего, она возникла в одном селе или хуторе, где жил основатель рода по прозвищу Колныш, и распространилась с его потомками.