Фамилия Колишенко — яркий пример украинской модели образования на -енко, что буквально означает «маленький» или «сын» (в данном случае — сын Колиша). Такие фамилии закрепились в Поднепровье, Левобережной Украине и на Слобожанщине, а затем распространились по всей Российской империи.

В основе прозвища Колиш лежит древний глагол «колисати, колыхати» — то есть качать, колебать, волновать. Слово живое, слышимое: в украинских говорах «колисати» до сих пор означает укачивать ребёнка или мерно раскачивать что-то. Отсюда и прозвище. Первый Колиш мог получить его за характерную походку — слегка раскачивающуюся, вразвалку. Либо за беспокойный нрав: человек, который постоянно волновался, «колыхался» по пустякам, тревожился без причины.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным «колис» (колесо) или «колиса» (колыбель). Тогда прозвище могло относиться к мастеру, делавшему колёса или детские люльки. Но глагольная основа выглядит убедительнее: прозвища от действий — одна из самых архаичных и распространённых моделей в славянской антропонимии.

В XIX веке, когда государство начало жёстко требовать единообразия фамилий, потомки Колиша оформили фамилию по стандартной украинской схеме. Сенатский указ, о котором упоминается в старых справочниках, лишь закрепил то, что и так сложилось в народе: сын Колиша стал Колишенко.

Фамилия редкая, не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов. Её носители — скорее всего, потомки казаков или крестьян, у которых прозвище закрепилось в быту задолго до официальной записи.