Фамилия Колоницкая — женская форма фамилии Колоницкий. В её основе, скорее всего, лежит слово «колония»: в старом значении это не государство-метрополия, а «население иноземцев, посёлок выходцев, переселенцы из другой земли». От этого слова образовали прозвище Колонист — так могли назвать чужака, переселенца, жителя такой колонии. Потомок человека с прозвищем Колонист со временем получил фамилию Колоницкий, а его дочь или жена — Колоницкая.

Менее вероятная версия связывает фамилию с мирским именем Колонок, образованным от названия птицы (колонок — сибирский вид хорька, но в народе так могли называть и птицу). Однако эта гипотеза слабая: звуковой переход от «колонок» к «колоницкий» требует слишком много допущений, тогда как связь с «колонией» лежит на поверхности.

Сама фамилия образована с помощью суффикса -ицк-, характерного для польской и западнорусской традиции. В польском языке суффикс -icki/-icka часто присоединяли к основам на -ст: от Kolonista получалось Kolonicki, а по-русски — Колоницкий. Это указывает на возможное происхождение рода из западнорусских земель или из шляхетской среды, где такие фамилии были особенно распространены.

В отличие от массовых фамилий на -ов и -ин, которые давали по отцу, фамилии на -ский/-цкий часто указывали на принадлежность к определённой местности или сословию. Носитель фамилии Колоницкая мог происходить из семьи, владевшей землёй в местечке под названием Колония или имевшей предка-переселенца.