Фамилия Калоницкая — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней отчётливо видна модель, типичная для польской или западнорусской (белорусской, украинской) шляхты: суффикс -цк-/-ск- с окончанием -ая. Такие фамилии образовывались от названий местности (топонимов) и указывали на родовое поместье или место, откуда человек был родом. Если бы фамилия была чисто русской, она скорее звучала бы как Калоницкая (с ударением на второй слог) или имела суффикс -ин.

Основа «Калониц-» восходит к названию населённого пункта. На карте Польши, Беларуси и Украины встречаются топонимы с корнем «Калоница» или «Калонь». Например, существует деревня Калоница (Kałonica) в Польше. Название может быть связано с диалектным словом «калонь» — так в некоторых славянских говорах называли грязь, топкое место, болотину. Тогда предок носителя фамилии был выходцем из села, стоявшего на сырой, низменной земле. Вторая версия — от личного имени или прозвища Калоница, которое мог получить человек с тёмным цветом волос или кожи (от «кал» в значении «сажа», «грязь»), но это менее вероятно для фамилии на -цкий, так как такие прозвища чаще давали суффикс -ов.

Ударение в фамилии плавающее: в русской среде чаще говорят Калоницкая или Калоницкая, хотя по польской норме ударение падало бы на предпоследний слог — Калоницкая. В дореволюционной России носительницы такой фамилии почти наверняка принадлежали к мелкопоместному дворянству или духовенству — сословиям, где были распространены «географические» фамилии. Встретить Калоницкую можно в основном в западных областях: Смоленской, Брянской, Псковской, а также в Беларуси и на Волыни. В советское время фамилия могла быть утрачена или изменена, поэтому сегодня она встречается редко, но сохранила связь с конкретным местом на карте Восточной Европы.