Фамилия Комайко построена по типичной восточнославянской модели: к основе Комай- добавляется суффикс -ко, который в украинском и белорусском языках указывает на происхождение или принадлежность. По сути, Комайко — это «потомок Комая». Такие фамилии на -ко (Гришко, Ивашко, Ковалько) особенно характерны для территории современной Украины и юго-западных областей Беларуси.

Сложнее с основой — Комай. Скорее всего, это народная, диалектная форма от арабского имени Камалетдин, что означает «совершенство религии». Переход начального а в о (Камай → Комай) — следствие «окающих» говоров, которые встречаются в южнорусских и белорусских диалектах. Имя Камай и его варианты (Комай, Камайко) фиксируются в исторических документах XVI–XVII веков среди православной шляхты и мещан Великого княжества Литовского.

Менее вероятная, но допустимая версия: прозвище Комай могло произойти от диалектного глагола «комать» (мять, давить) или от названия насекомого (комар в некоторых говорах звучит как «комай»). Однако в ономастических справочниках за основными носителями фамилии Комайко закрепилась именно версия с личным именем Камай.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам. По данным переписей XX века, большинство Комайко проживали в Гродненской и Минской областях Беларуси, а также в приграничных районах Украины. В России фамилия встречается редко и, как правило, у потомков переселенцев с запада.

Таким образом, предки человека с фамилией Комайко, вероятнее всего, были выходцами из белорусских или украинских земель, а родоначальника звали Комаем — сокращённой формой от имени Камалетдин.