Фамилия Комен — редкая для России, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от большинства русских фамилий на -ов или -ин, она не имеет очевидного патронимического суффикса. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или профессионального термина, причём не обязательно славянского корня.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с немецким словом «Kommen» (приходить, прибывать) или диалектным «Kommer» (купец, торговец). В среде немецких колонистов, переселившихся в Россию при Екатерине II, фамилии часто давали по роду занятий или характерному действию. Комен мог быть прозвищем пришлого человека, новосёла, или же торговца, который постоянно «приходил» с товаром. Немецкое происхождение подтверждается географией: фамилия встречается в Поволжье и на юге Украины, в бывших колониях.

Вторая версия, менее распространённая, отсылает к финно-угорским языкам. В карельском и вепсском «komi» означает «человек», «народ». В этом случае Комен — этническое прозвище, данное выходцу из коми-зырян или коми-пермяков. Однако такая гипотеза слабее, так как фамилии с корнем «коми» обычно оформлены по-русски (Комичев, Комин), а не в виде чистой основы.

Суффикс -ен в фамилии необычен. В русской традиции он характерен для украинских и белорусских фамилий (Гриценко, Коваленко), но здесь, скорее всего, это результат адаптации немецкой фамилии Komm или Kommen: окончание отпало, а корень приобрёл славянское звучание. Встречаются варианты написания — Коммен, Коммэн, — что указывает на нестабильность при записи иноязычной фамилии.

В дворянских родословных книгах фамилия Комен не значится. Её носители — выходцы из мещан, крестьян или ремесленников, часто лютеранского вероисповедания. В советское время фамилия полностью русифицировалась, и сегодня её обладатели могут и не подозревать о немецком или финно-угорском следе.